Das Jahr 1098 gilt als Startpunkt für den Zisterzienserorden. In diesem Jahr wurde das Kloster Cîteaux vom Abt Robert gegründet. Er verließ zusammen mit 21 Mönchen sein Kloster Molesme und ließ sich in den Sümpfen nahe am Dijon in der Bourgogne nieder. Die Mönche wollten zu einem asketischeren Leben zurückkehren und nach den strengen Regeln leben, die Sankt Benedikt von Nursia im 6. Jahrhundert verfasst hatte. Anfangs gab es im Zisterzienserorden nur Männer. Nonnenklöster wurden ab dem 13. Jahrhundert widerwillig zugelassen.
Benedikts Regel bildete die Grundlage für den Zisterzienserorden. Man las regelmäßig daraus vor, und wenn ein neues Kloster durch Auswanderung (Filiation) von einem existierenden Kloster gegründet wurde, bekamen die Mönche von ihrem Mutterkloster eine Abschrift mit auf den Weg.
Einheitlichkeit und Zentralorganisation kennzeichnen die Zisterzienserorden bis zum 14. Jahrhundert, in dem die Zahl der Klöster so groß wurde, dass es schwierig wurde, sie zusammenzuhalten. Die Klöster erreichten eine Höchstzahl von 1800. Als Stephan Harding in Cîteaux 1109 zum Abt gewählt wurde, arbeitete er die Charta Caritatis aus (1119), in der die oberste Leitung mit dem Generalkapitel und der Gottesdienstordnung festgelegt wurde. Es gab sie in allen Zisterzienserklöstern und sie wurden gemäß einer festgelegten Abfolge gelesen. Während seiner Zeit als Abt arbeitete Stephan Harding auch mit dem Sittenbuch, Liber Usuum, das sehr detaillierte Vorschriften, die Gottesdienste und Gebete betreffend, enthält. Es wurde zur Zeit seines Nachfolgers 1134 fertiggestellt. Auch das Sittenbuch wurde in jedes neu gegründete Kloster mitgeführt.
Organisatorisch waren alle Klöster dem Generalkapitel unterstellt, das sich jedes Jahr in Cîteaux versammelte, und zu dem sich alle außer den Äbten, die sehr weit entfernt lebten, einfinden mussten. Im Generalkapitel wurden Veränderungen in der Liturgie beschlossen oder, ob ein Kloster einen neuen, lokalen Heiligen in seinen Kalender aufnehmen durfte. Das Generalkapitel war auch die gesetzgebende Behörde des Ordens. Der Zisterzienserorden war zu seiner Blütezeit eine selbständige, überstaatliche Organisation. Die kirchlichen Behörden der einzelnen Länder griffen äußerst selten in seine Angelegenheiten ein. Klöster und weltliche Kirchen hatten unterschiedliche Gottesdienstordnungen.
In den ersten zehn Jahren des zwölften Jahrhunderts verließen Bernhard und eine Gruppe von zwölf Mönchen das Mutterkloster Cîteaux und ließen sich an der Aube in der Champagne nieder, um ein neues Kloster zu gründen. Clairveaux wurde 1115 eingeweiht und Bernhard leitete das Kloster bis zu seinem Tod 1153. Er wurde 1174 heiliggesprochen.
Bernhard war eine der wichtigsten geistlichen und politischen Persönlichkeiten des 12. Jahrhunderts. Er verfasste eine große Anzahl religiöser Schriften und entwickelte den Marienkult. Alle Zisterzienserkloster stehen unter dem Schutz der Heiligen Jungfrau. Seit Bernhards Zeit schließt der Wechselgesang Salve Regina zusammen mit dem Gebet Ave Maria jeden Tag im Kloster ab.
Bernhard war ein geschickter Organisator mit viel Macht, und er wurde von Päpsten und Königen einberufen, um Konflikte zu lösen und um die Stellung der Kirche zu verteidigen.
Schweigend sollten Mönche und Nonnen die Leitworte des Ordens Ora et labora – bete und arbeite – befolgen. Die Klöster wurden in der Nähe von Gewässern auf Außenfeldern angelegt, die erst noch bewirtschaftet werden sollten. Zisterzienserklöster durften anfangs keinen Handel betreiben, aber man akzeptierte Stiftungen von Ackerboden und baute eine blühende Landwirtschaft mit Höfen auf, die sich in der Umgebung der Klosteranlage befanden. Neben der Landwirtschaft betrieb man auch Mühlen, Schmieden, Glasbläsereien, Fischzucht, Fischerei und Weinbau. Im Lauf der Zeit eröffneten viele Klöster Verkaufsstellen in Städten. Die Wirtschaft der Zisterzienser wuchs kräftig ab Mitte des 12. Jahrhunderts, als Europas Bevölkerung zunahm. Sie wandten die Innovationen ihrer Zeit an, hatten eine rationale Arbeitsorganisation und geschickte Planung.