Askeby kloster var ända till in på 1500-talet ett centrum vid en av de viktigaste handelsvägarna, den från Söderköping till Skänninge. Vadet strax öster om klostret var en mycket viktig plats för övergången av den lynniga vattenleden, och i Askeby anknöt vägarna från Kalmar, Linköping och Tuna.
Men på 1500-talet inträffade genomgripande förändringarna, ja katastroferna. Gustav Vasa överförde 1529 i samband med reformationen klostrets mark till abbedissan i Vreta, och samma år bröts de 350-åriga kontakterna med Norrköping. 1567 kom den kände danske härföraren, Daniel Rantzau. Han hade sin bas i Skänninge, och hade bl.a. uppgiften att förstöra handelsvägen och framförallt Söderköping, ”kungariket Sveriges förnämsta, största och viktigaste stad” (Rantzau). Askeby kyrka brändes och raserads delvis, och gårdar i Juby, Nartomta och Överstad brändes ned.
Askeby blev nu ett slags ingenmansland, fram till 1555 annex till Gistad och därefter till 1581 till Vårdsberg. Någon kyrkojord fanns heller inte, men man hade avsatt ett par små utjordar. Det konstaterades att ”kyrkan löpte att förfalla”, varför fogdarna i trakten, inte kyrkan, 1576 fick i uppdrag att göra de allra nödvändigaste reparationerna.
Den slutgiltiga katastrofen kom snart därefter. Östergötland drogs in i den stora konflikten mellan adelssläkter i sydöst och adel från mellersta delen av landet, vilket resulterade i slaget vid Stångebro 1598 och ett par år senare i Linköpings blodbad. Flera av de där avrättade hade ju starka band med Askeby kloster. Biskopen hade varit kung Karl IX behjälplig med att utesluta de avrättade från kyrkan, kropparna grävdes efter en tid av förruttnelse ned på icke av kyrkan invigd mark. Det innebar givetvis att föremål i Askeby kyrka som kunde förknippas med de avrättade måste förstöras. Det kan kanske vara tänkvärt att Gustaf Banér Ekenäs sökte hedra minnet av sin avrättade farfar med en ny utsmyckning av kyrkan.